Bệnh viện Đại học Y Dược TP.HCM – Cơ sở 3 được hình thành từ Cơ sở khám chữa bệnh nội, ngoại trú tương đương với 50 giường bệnh thuộc Trường trung học Y Dược Dân tộc (sau đó đổi tên là Trường trung học Y tế cổ truyền Tuệ Tĩnh II theo quyết định 06/BYT-QĐ ngày 03/01/1997 của Bộ trưởng Bộ Y tế)
Cơ sở khám chữa bệnh nội, ngoại trú tương đương với 50 giường bệnh (gọi tắt là Bệnh viện thực hành YHCT) thành lập nhằm tổ chức giảng dạy thực hành tốt lâm sàng YHCT, được đặt trong khuôn viên Trường trung học Y tế cổ truyền Tuệ Tĩnh II, tại địa chỉ 221B Hoàng Văn Thụ, P.8, quận Phú Nhuận, gồm 50 giường bệnh nội trú, 10 giường ngoại trú, 4 phòng khám tổng quát và 6 phòng khám chuyên khoa sâu.